[세종=이데일리 강신우 기자] 최근 집값 상승으로 과세표준 20억원(시가 66억)을 넘는 초고가 1주택에 적용된 종합부동산세 세액공제가 4년 만에 가장 큰 폭으로 늘어난 것으로 나타났다.

(사진=연합뉴스)

고가 주택의 공시가격이 오르면서 현행 종부세 제도가 고가 1주택자의 세 부담을 상대적으로 크게 덜어주는 구조라는 점이 통계로 확인된 것인데, 정부는 초고가 1주택의 보유세 부담을 높이는 방향으로 종부세 개편을 추진하고 있다.

26일 국세청 국세통계를 분석한 결과, 과세표준 20억원 초과 주택에 적용된 2025년 귀속 개인 종부세 세액공제액은 461억원으로 집계됐다. 전년(182억원)보다 279억원(153.2%) 증가한 규모다.

과표 20억원 초과 구간의 세액공제액은 2021년 681억원을 기록한 이후 감소세를 보이다가 지난해 다시 큰 폭으로 늘면서 4년 만에 최대치를 기록했다. 증가액과 증가율 역시 2021년(468억원·220.7%) 이후 가장 높았다. 최근 고가 주택 가격 상승이 세액공제 확대에 영향을 준 것으로 풀이된다.

종부세 세액공제는 1세대 1주택자가 5년 이상 보유했거나 만 60세 이상일 경우 받을 수 있다. 보유기간에 따라 20~50%, 연령에 따라 20~40%의 공제율이 적용되며, 두 공제를 합산해 최대 80%까지 공제받을 수 있다. 거주 여부는 요건에 포함되지 않는다.

현행 제도상 1주택자는 기본공제 12억원과 공정시장가액비율 60%를 적용받는다. 이를 기준으로 계산하면 과세표준 20억원은 아파트 기준 시가 약 65억 7000만원, 단독주택 기준 약 84억 6000만원 수준에 해당하는 것으로 추정된다.

지난해 종부세 대상자는 개인과 법인을 합쳐 53만 8439명이었다. 이 가운데 과표 20억원 초과 대상은 8399명으로 전체의 1.6%에 그쳤다. 그러나 이들 가운데 1주택 요건 등을 충족한 일부는 전체 세액공제액(약 2071억원)의 22.2%를 차지했다.

지역별로는 전체 주택 종부세 세액공제의 87.9%가 서울 소재 주택에 집중됐다. 강남권 등 초고가 주택을 장기간 보유한 1주택자와 고령자에게 공제 혜택이 집중된 것으로 해석된다.

과표 20억원 초과 주택의 세액공제가 전체에서 차지하는 비중도 2024년 13.1%에서 지난해 22.2%로 9.1%포인트 상승했다.

반면 과표 20억원 초과 주택 보유자의 지난해 평균 종부세 결정세액은 5570만원으로 전년보다 1681만원(23.2%) 감소했다. 같은 기간 과표 20억원 이하 주택 보유자의 평균 결정세액은 159만원으로 1만원 늘어나는 데 그쳐 대조를 이뤘다.

과표 14억원 초과 주택으로 범위를 넓혀도 같은 흐름이 나타났다. 해당 구간의 세액공제액은 지난해 749억원으로 전년보다 327억원(77.6%) 증가해 역시 4년 만에 최대 증가폭을 기록했다. 시가 기준으로는 아파트 약 51억원, 단독주택 약 65억원 이상이 해당하는 수준이다.

주택 수에 따른 세 부담 차이도 뚜렷했다. 과세표준이 같더라도 3주택 이상 보유자는 1주택자보다 더 높은 세율과 낮은 기본공제를 적용받는다.

실제로 지난해 과표 12억원 초과~14억원 이하 구간에서는 3주택 이상 보유자의 1인당 평균 종부세가 938만원으로 1주택자보다 565만원 많았다. 과표가 높아질수록 격차는 더 벌어져 14억~20억원 구간은 1064만원, 20억~30억원 구간은 2120만원, 30억~50억원 구간은 4194만원까지 차이가 확대됐다.

이는 1주택자에게 기본공제 12억원과 최대 80%의 세액공제가 적용되는 반면 다주택자는 기본공제가 9억원에 그치고 더 높은 세율을 적용받기 때문이다. 현행 제도는 동일한 자산가치라도 ‘초고가 1주택’이 ‘다주택’보다 세 부담이 낮도록 설계돼 있어 이른바 ‘똘똘한 한 채’ 선호를 강화한다는 지적이 나온다.

정부는 종부세를 주택 수가 아닌 자산가액 중심으로 부과하는 방향의 개편을 검토하고 있다. 이 과정에서 초고가 1주택자의 장기보유 세액공제를 축소하거나 폐지하는 방안도 논의되는 것으로 알려졌다. 정부는 27일 한성숙 국무총리 주재 토론회를 거쳐 다음 달 초 세제개편안을 발표할 예정이다.